Sélectionner des animaux repose sur une idée simple et ancienne : associer un mâle et une femelle pour ce qu’ils présentent de meilleur à reproduire. Mais problème, cela s’inscrit dans le temps de l’observation des descendances… L’histoire retiendra peut-être que les éleveurs et les chercheurs travaillant pour eux auront fait sauter ce verrou au début du XXI siècle. Depuis dix ans, la sélection génomique, en effet, apparue en 2009 (en juin 2009, la France a été parmi les premiers pays au monde à publier des index génomiques officiels en races bovines laitières holstein, montbéliarde et normande), change considérablement la donne puisqu’il est possible de prédire les caractères d’un animal sur la base d’un génotypage réalisé à partir d’un échantillon biologique.
Côté outillage, des puces à marqueurs ADN et leurs instruments de lectures, des séquenceurs, le tout associé à de puissantes équations biostatistiques calées sur des populations de référence permettent d’aboutir aujourd’hui à des estimations fines. Aujourd’hui, soit en l’espace de 15 ans à peine, le nombre de génotypages réalisés a atteint les 300 000 par an dans 18 races. La sélection génomique apporte à l’éleveur des informations essentielles pour mieux piloter sont élevage, que ce soit en races bovines laitières, allaitantes, sans oublier les petits ruminants.
Les chercheurs ayant fait grandir cette aventure scientifique et technologique ont agi et agissent toujours principalement dans le cadre de l’Unité mixte technologique réunissant l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE), Eliance et de l’Institut de l’élevage. La précision des index génomiques est élevée dès la naissance de l’animal mais cette innovation n’a en réalité rien figé car de nouveaux objectifs de sélection sont apparus, avec davantage de caractères à prendre en compte, dans un contexte de transition environnementale (santé, réchauffement, résilience, autonomie, …) incertain. La génomique par sa précision même peut aussi générer des effets réducteurs et menacer la variabilité génétique, ont remarqué les chercheurs qui doivent porter une attention particulière à ce tropisme sélectif, spécialement à une époque où l’animal est de plus en plus regardé et évalué non plus seulement sur son arbre génétique mais eu égard au milieu dans lequel ce dernier s’insère et s’exprime (épigénétique), de quoi considérablement challenger les calculs…
Les nouvelles puces d’épigénotypage. Photo GD Biotech
